Еще в школе заинтересовался археологией и доиспанскими культурами Перу. После университета поступил на работу в Музей антропологии и этнографии, где защитил кандидатскую диссертацию, посвященную одной из доколумбовых культур Центральных Анд. Одновременно занимался археологией Южного Туркменистана, в 1987–2002 годах работал по этой теме в Институте истории материальной культуры РАН. В 90-х стал создавать базу данных фольклора и мифологии мира — в последние годы вместе с Е. Н. Дувакиным. Подходя к этому материалу примерно так же, как к археологическому, стал уникальным специалистом по сравнительной мифологии: изучая распространение фольклорных мотивов в разных районах мира и сопоставляя эти данные с данными археологии, генетики и лингвистики, Юрий Березкин реконструирует раннюю историю человечества. Автор нескольких сотен статей и десятка книг, в том числе «Мифы заселяют Америку: ареальное распределение фольклорных мотивов и ранние миграции в Новый Свет» (2007), «Из Старого в Новый Свет: Мифы народов мира» (2009), «Империя инков» (2014), «Африка, миграции, мифология» (2013), «Между общиной и государством: среднемасштабные общества Нуклеарной Америки и Передней Азии» (2013), «Заселение человеком Нового Света»  (2015, с соавторами), «Рождение звездного неба» (2017).